Un proyecto multidisciplinar como MOSAICO requiere también una aproximación metodológica multidisciplinar basada, por un lado, en la observación y toma de datos in situ (campañas oceanográficas) donde los sistemas de adquisición de datos, el tratamiento de estos datos y su análisis juegan un papel fundamental y, por otro lado, en el modelado y simulación numérica de procesos geomorfológicos y sedimentarios basándonos en la experiencia observacional y en la disponibilidad de datos para alimentar los modelos.
Recogemos a continuación la metodología seguida en cada uno de estos apartados: